Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SYNE4Q8N205 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SYNE4Q8N205 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms