Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
SKA3Q8IX90 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms