Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCA1P28370 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms