Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
SDC1P18827 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SDC1P18827 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms