Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS53Q5VIR6 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms