Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL3A1P02461 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
COL3A1P02461 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms