Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC140Q96MF4 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC140Q96MF4 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms