Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXD3P31249 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXD3P31249 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms