Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TRIM40Q6P9F5 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM40Q6P9F5 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TRIM40Q6P9F5 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM40Q6P9F5 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 132.3 ms