Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHHQ15465 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHHQ15465 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHHQ15465 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHHQ15465 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHHQ15465 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
SHHQ15465 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SHHQ15465 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SHHQ15465 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
SHHQ15465 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHHQ15465 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHHQ15465 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHHQ15465 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHHQ15465 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
SHHQ15465 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SHHQ15465 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHHQ15465 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHHQ15465 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SHHQ15465 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SHHQ15465 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHHQ15465 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHHQ15465 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHHQ15465 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHHQ15465 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHHQ15465 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHHQ15465 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHHQ15465 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
SHHQ15465 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SHHQ15465 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
SHHQ15465 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SHHQ15465 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SHHQ15465 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SHHQ15465 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SHHQ15465 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHHQ15465 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHHQ15465 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHHQ15465 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHHQ15465 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHHQ15465 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHHQ15465 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHHQ15465 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHHQ15465 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHHQ15465 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHHQ15465 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHHQ15465 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHHQ15465 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHHQ15465 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHHQ15465 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SHHQ15465 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHHQ15465 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHHQ15465 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SHHQ15465 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHHQ15465 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHHQ15465 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SHHQ15465 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHHQ15465 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHHQ15465 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SHHQ15465 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SHHQ15465 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SHHQ15465 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHHQ15465 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHHQ15465 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHHQ15465 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHHQ15465 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHHQ15465 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHHQ15465 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHHQ15465 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHHQ15465 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
SHHQ15465 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHHQ15465 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHHQ15465 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHHQ15465 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SHHQ15465 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHHQ15465 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SHHQ15465 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHHQ15465 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHHQ15465 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHHQ15465 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SHHQ15465 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHHQ15465 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHHQ15465 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
SHHQ15465 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SHHQ15465 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHHQ15465 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHHQ15465 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHHQ15465 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHHQ15465 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHHQ15465 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHHQ15465 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHHQ15465 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHHQ15465 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SHHQ15465 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHHQ15465 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
SHHQ15465 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHHQ15465 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHHQ15465 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHHQ15465 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHHQ15465 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHHQ15465 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHHQ15465 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms