Protein–RNA interactions for Protein: P52701

MSH6, DNA mismatch repair protein Msh6, humanhuman

Predictions only

Length 1,360 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH6P52701 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC36.41■■■■□ 3.42
MSH6P52701 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC36.41■■■■□ 3.42
MSH6P52701 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
MSH6P52701 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
MSH6P52701 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
MSH6P52701 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
MSH6P52701 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
MSH6P52701 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
MSH6P52701 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
MSH6P52701 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
MSH6P52701 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.37■■■■□ 3.41
MSH6P52701 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC36.36■■■■□ 3.41
MSH6P52701 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
MSH6P52701 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC36.36■■■■□ 3.41
MSH6P52701 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC36.36■■■■□ 3.41
MSH6P52701 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC36.36■■■■□ 3.41
MSH6P52701 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
MSH6P52701 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
MSH6P52701 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
MSH6P52701 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
MSH6P52701 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
MSH6P52701 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC36.33■■■■□ 3.41
MSH6P52701 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
MSH6P52701 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC36.32■■■■□ 3.4
MSH6P52701 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
MSH6P52701 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
MSH6P52701 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
MSH6P52701 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC36.31■■■■□ 3.4
MSH6P52701 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
MSH6P52701 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC36.31■■■■□ 3.4
MSH6P52701 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
MSH6P52701 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC36.3■■■■□ 3.4
MSH6P52701 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
MSH6P52701 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
MSH6P52701 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
MSH6P52701 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
MSH6P52701 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
MSH6P52701 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC36.28■■■■□ 3.4
MSH6P52701 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC36.28■■■■□ 3.4
MSH6P52701 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
MSH6P52701 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
MSH6P52701 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
MSH6P52701 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
MSH6P52701 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.39
MSH6P52701 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
MSH6P52701 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
MSH6P52701 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
MSH6P52701 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.25■■■■□ 3.39
MSH6P52701 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC36.25■■■■□ 3.39
MSH6P52701 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
MSH6P52701 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
MSH6P52701 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
MSH6P52701 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
MSH6P52701 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
MSH6P52701 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
MSH6P52701 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
MSH6P52701 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
MSH6P52701 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
MSH6P52701 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
MSH6P52701 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC36.22■■■■□ 3.39
MSH6P52701 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC36.22■■■■□ 3.39
MSH6P52701 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC36.22■■■■□ 3.39
MSH6P52701 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
MSH6P52701 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
MSH6P52701 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC36.21■■■■□ 3.39
MSH6P52701 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC36.2■■■■□ 3.39
MSH6P52701 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
MSH6P52701 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
MSH6P52701 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC36.2■■■■□ 3.39
MSH6P52701 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
MSH6P52701 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC36.19■■■■□ 3.38
MSH6P52701 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC36.19■■■■□ 3.38
MSH6P52701 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
MSH6P52701 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
MSH6P52701 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
MSH6P52701 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC36.17■■■■□ 3.38
MSH6P52701 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
MSH6P52701 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC36.15■■■■□ 3.38
MSH6P52701 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
MSH6P52701 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC36.14■■■■□ 3.38
MSH6P52701 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
MSH6P52701 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
MSH6P52701 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
MSH6P52701 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
MSH6P52701 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC36.13■■■■□ 3.37
MSH6P52701 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
MSH6P52701 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
MSH6P52701 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
MSH6P52701 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
MSH6P52701 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.11■■■■□ 3.37
MSH6P52701 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
MSH6P52701 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC36.11■■■■□ 3.37
MSH6P52701 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
MSH6P52701 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
MSH6P52701 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC36.1■■■■□ 3.37
MSH6P52701 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC36.1■■■■□ 3.37
MSH6P52701 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
MSH6P52701 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
MSH6P52701 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
MSH6P52701 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC36.08■■■■□ 3.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms