Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRPF3Q9ULD4 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms