Protein–RNA interactions for Protein: Q9UI33

SCN11A, Sodium channel protein type 11 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN11AQ9UI33 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN11AQ9UI33 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN11AQ9UI33 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms