Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
MSX1P28360 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
MSX1P28360 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
MSX1P28360 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
MSX1P28360 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
MSX1P28360 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.46
MSX1P28360 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
MSX1P28360 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
MSX1P28360 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
MSX1P28360 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
MSX1P28360 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
MSX1P28360 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms