Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD4P09016 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms