Protein–RNA interactions for Protein: O75400

PRPF40A, Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 957 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40AO75400 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRPF40AO75400 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms