Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP3Q9Y6I4 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP3Q9Y6I4 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.8 ms