Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms