Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG1P18858 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG1P18858 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG1P18858 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG1P18858 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIG1P18858 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
LIG1P18858 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
LIG1P18858 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIG1P18858 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIG1P18858 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms