Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL3A1P02461 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL3A1P02461 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL3A1P02461 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL3A1P02461 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL3A1P02461 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL3A1P02461 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms