Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMCH1Q9UPQ0 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms