Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS28Q9UK41 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms