Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78 ms