Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms