Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHMP3Q9Y3E7 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms