Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
KLHL28Q9NXS3 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms