Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PCIF1Q9H4Z3 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
PCIF1Q9H4Z3 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms