Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP3Q9Y3E7 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms