Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms