Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms