Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIG1P18858 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
LIG1P18858 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIG1P18858 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIG1P18858 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIG1P18858 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIG1P18858 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIG1P18858 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms