Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms