Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VAMP4O75379 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VAMP4O75379 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms