Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXC11O43248 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC11O43248 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC11O43248 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC11O43248 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC11O43248 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC11O43248 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXC11O43248 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms