Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.6 ms