Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRERF1Q96PN7 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRERF1Q96PN7 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms