Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ERCC4Q92889 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ERCC4Q92889 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms