Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
USP4Q13107 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
USP4Q13107 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
USP4Q13107 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
USP4Q13107 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
USP4Q13107 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
USP4Q13107 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
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