Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC20.2■□□□□ 0.83
COL4A3Q01955 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL4A3Q01955 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms