Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXA9P31269 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXA9P31269 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms