Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC22.7■■□□□ 1.23
SMARCA1P28370 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCA1P28370 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms