Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD4P09016 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms