Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC3Q9BQI4 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms