Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP28Q96RU2 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 148.8 ms