Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HOXC9P31274 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms