Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NUP88Q99567 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NUP88Q99567 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms