Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC42Q96M95 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms