Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3Q7Z494 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3Q7Z494 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms