Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMCH1Q9UPQ0 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMCH1Q9UPQ0 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms