Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS28Q9UK41 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms